Значительные профессиональные успехи достигнуты отделением теории, истории музыки и композиции, организованным в 1953 г. Отделение выполняет ответственную и сложную задачу всестороннего и гармоничного развития юных музыкантов. С этой целью выстроен широкий спектр преподаваемых на отделении дисциплин. Углубленное изучение классических музыкально-теоретических и музыкально-исторических предметов направлено на овладение учащимися теоретическими и историческими знаниями, раскрытие и развитие их творческого потенциала, совершенствование профессиональных способностей одаренных музыкантов.

В своей преподавательской деятельности педагоги отделения опираются на лучшие традиции российской школы музыкознания. Это стало возможным благодаря деятельности крупнейших музыковедов, стоявших у истоков казахстанской школы музыкознания и внесших особый вклад в становление учебного процесса в школе. Среди них профессор Дубовский И.И., Аравин П.В., Дернова В.П., Бисенова Г.Н., Визель З.А., Тифтикиди Н.В., Каменский В.Д.

Первыми преподавателями отделения теории и истории музыки РССМШИ для одаренных детей им. К. Байсеитовой также были Н.Г. Матаганова, Э.Р. Петаш, В.В. Балабичев, Г.В. Анашкина.

Основной состав педагогического коллектива отделения складывается в 60-70-е гг. В этот период на отделении работают А.И. Молчанова, М.А. Пиневич, Н.А. Хорева, Н.Е. Каневская, Т.Д. Шумилина, выпускники Московской консерватории: Р. Лукьянова и Г.К. Шойынбекова. В 90-е гг. состав отделения пополняется опытными преподавателями, отличниками образования РК – Петровой С.А., Сабитовой М.П., Диканбаевой М.А. В 2000-е годы в него вливается Ахметбекова Д.А., лауреат республиканского конкурса, член-корреспондент МАИ. На отделении начинают работать молодые специалисты, выпускники КНК им. Курмангазы – Г.К. Мукушева, О.В. Сиротина, Ш.Ш. Тукенова, Н.А. Суербаева, А.Т. Муканова.

В разные годы отделением теории, истории музыки и композиции руководили Е.Б. Трембовельский – доктор искусствоведения, Заслуженный деятель искусств РФ, профессор; А.И.Молчанова; Т.Д.Шумилина – отличник народного образования РК; Р.В.Лукьянова; С.А.Петрова – отличник народного образования РК; А.А.Зобкова, Ш.Ш.Тукенова (выпускницы школы им. К.Байсеитовой и КНК им. Курмангазы с отличием), Газизова Л.Ш., Мукушева, Г.К.

В настоящее время отделением руководит Зобкова А.А. На данный момент отделение состоит из секций теории музыки, истории музыки и композиции. Дисциплины музыкально-теоретического цикла ведут педагоги с многолетним опытом успешной педагогической деятельности: Т.Д. Шумилина – отличник народного образования РК, Г.Н. Зубкова, О.В. Сиротина, Г.К. Мукушева, С.Б. Бекбулатова, Н.А. Суербаева, А.А. Зобкова, Л.О. Корбань, Л.П. Игнатенко, А.С. Калибаева, В.А. Осипов. Высокий профессионализм, педагогическое мастерство, методическая оснащенность, включающая авторские научно-методические разработки, позволяют добиваться педагогам результатов, которые соответствуют мировым образовательным стандартам. Приобретенные учащимися теоретические знания позволяют им в дальнейшем продолжать образование в ведущих музыкальных учреждениях ближнего и дальнего зарубежья.

Опытные педагоги, среди которых отличники народного образования, ветераны труда входят в состав секции истории музыки. Дисциплины музыкально-исторического цикла у будущих музыковедов ведут отличники народного образования С.А. Петрова, М.А. Диканбаева, Д.А. Ахметбекова, Г.Б. Кундакбаева. В подразделении истории музыки работают ветераны труда, выпускники школы 60 гг. Марина Александровна Пиневич, Наталья Алексеевна Хорева – отличник образования РК. Занятия музыкально-исторического цикла проводятся с помощью современной аудио и видео аппаратуры. На отделении имеется укомплектованная фонотека, функционирует читальный зал, лаборантом которого является Тихонова Г.Г.

Современный этап функционирования отделения характеризуется введением в учебный процесс передовых инновационных технологий. С 2006 г. преподавание музыкально-теоретических и музыкально-исторических дисциплин осуществляется в мультимедийных кабинетах, подключенных к Интернету. Впервые в Казахстане и за его пределами мультимедийные кабинеты используются при изучении таких предметов как гармония, сольфеджио, история музыки, основы джазовой импровизации. В связи с этим приоритетным направлением работы отделения с 2006 г. становится освоение и внедрение в учебный процесс инновационных информационно-коммуникативных технологий, которые открывают широкие перспективы в оптимизации учебного процесса, отвечают требованиям педагогики ХХI века и позволяют учащимся наряду с учебной программой овладевать навыками компьютерной грамотности применительно к музыкальной сфере.

Большое значение придается на отделении теории и истории музыки изучению учащимися казахской музыкальной культуры, её богатых традиций, истории их возникновения и развития. Курс казахской музыкальной литературы ведут высококвалифицированные преподаватели – М.А. Диканбаева – «Почетный работник образования РК», «Отличник народного образования»; Д.А. Ахметбекова – ст. преподаватель кафедры истории казахской и зарубежной музыки КНК им. Курмангазы, член-корр. МАИН, член Правления Союза композиторов Казахстана, лауреат Республиканского конкурса, автор более 100 публикаций, среди которых учебник для высшей школы «Қазақ дәстүрлі музыкасы» (2005 г.), программы по музыкально-историческим дисциплинам.

Значительный вклад в развитие казахстанского музыковедения внесли выпускники отделения теории, истории музыки и композиции: С.А. Кузембай – академик МАИ, кандидат искусствоведения, профессор, отличник народного образования РК; Н.С. Кетегенова – академик МАИ, кандидат искусствоведения, профессор КНК им. Курмангазы; Т.К. Джумалиева – музыковед, музыкальный критик, педагог, профессор КНК им. Курмангазы, кандидат искусствоведения, академик МАИН, член Правления Союза композиторов 3-х созывов, президентский стипендиат по культуре (2004 г.), музыкально-общественный деятель, главный редактор «Новой музыкальной газеты», первого издания по музыкальной культуре в Казахстане журнального типа; А.И. Мухамбетова – музыковед, культуролог, доктор искусствоведения, профессор, член Союза композиторов Казахстана, организатор крупных музыкальных проектов и акций в РК, главный редактор критико-аналитического журнала “Айт”, президентский стипендиат (2004-2005 гг.); С.А. Елеманова – кандидат искусствоведения, ученый-этномузыковед, активный творческий деятель и пропагандист традиционной музыки Республики; У.Р. Джумакова – музыковед, доктор искусствоведения, профессор Казахской национальной академии музыки г. Астана, член Союза композиторов Казахстана; Г.Н. Омарова – музыковед, кандидат искусствоведения, доцент КазНАИ им. Т. Жургенова; С.И. Утегалиева – член Союза композиторов Республики, представитель и эксперт от Казахстана в Международном Совете по традиционной музыке (ICTM) при ЮНЕСКО, кандидат искусствоведения, доцент КНК им. Курмангазы; А.Т. Айтуарова – музыковед, культуролог, кандидат искусствоведения, доцент, заведующая кафедрой традиционной культуры и искусства Казахской национальной академии искусств имени Т. Жургенова. С. Даукеева – этномузыковед, кандидат искусствоведения, специализирующийся на музыке Ближнего и Среднего Востока, арабских средневековых источниках и казахской музыке, докторант Школы востоковедения и африканистики Лондонского университета.

Важным направлением работы отделения является подготовка учащихся, испытывающих интерес к сочинению музыки и проявивших себя в этой области, по специальности «композиция». В 1993 г. вновь разработанный учебный план «композиция» была введена как самостоятельная дисциплина, входящая в программу отделения. По окончании курса композиции выпускникам присваивается квалификация «композитор».

В разное время класс композиции в школе вели народная артистка СССР, профессор Г.А. Жубанова; народный артист СССР, профессор Е.Р. Рахмадиев; Заслуженный деятель искусств КазССР, доцент АГК В.В. Великанов; Заслуженный деятель искусств, профессор КНК им. Курмангазы Е.М. Мендыгалиев; Заслуженный деятель искусств Казахской ССР, профессор В.А. Новиков; композитор, член СКК Б. Аманжол; Заслуженный деятель искусств РК К.Д. Дуйсекеев. В настоящее время класс композиции ведет известный композитор, лауреат Республиканских конкурсов, Заслуженный деятель РК, член Союза композиторов Казахстана К.А. Шильдебаев.

В числе выдающихся выпускников школы, имена которых вошли в золотой фонд казахской музыкальной культуры, Нургиса Тлендиев – лауреат Государственной премии Казахской ССР (1978 г.), народный артист СССР (1984 г.), депутат Верховного Совета Казахской ССР (1985 г.), Лауреат Государственной премии РК (1995 г.), кавалер Золотой звезды “Халық Қаһарманы”; Нагим Мендыгалиев – композитор, Заслуженный деятель искусств Каз.ССР (1979 г.), профессор (1981 г.); Мансур Сагатов – народный артист РК, Заслуженный деятель РК, профессор, член Правления Союза композиторов Казахстана, заведующий кафедрой композиции КНК им. Курмангазы (1993-1998 гг.); Темиржан Базарбаев – Заслуженный деятель искусств Казахской ССР, награжден грамотой Верховного Совета Казахской ССР; Тлес Кажгалиев – лауреат премии Ленинского комсомола Казахстана (1980 г.), награжден медалью “За трудовую доблесть” (1981 г.), член Правления Союза композиторов Казахстана, Заслуженный деятель РК; Кенес Дуйсекеев – композитор, Заслуженный деятель искусств РК; Алмас Серкебаев – композитор, пианист, Заслуженный деятель Республики Казахстан, лауреат государственной премии, член Правления Союза композиторов Казахстана; Балнур Кыдырбек – председатель Правления Союза Композиторов Казахстана, лауреат Международных, Республиканских композиторских конкурсов, фестивалей; Куат Шильдебаев – лауреат Республиканских конкурсов, член Союза композиторов Казахстана; С.Ж.Еркимбеков – председатель правления Союза композиторов Казахстана (1998-2007 гг.), Заслуженный деятель РК, лауреат Республиканского конкурса песни “Жаңа ғасыр – жаңа ән” (2001 г.), лауреат Премии “Алтын Жулдыз” (2003 г.), профессор, 1-й Проректор Казахской национальной академии музыки (с 2005 г.), профессор, член Республиканской комиссии по Государственной символике (2000-2007 гг.); Алиби Жубанов-Мамбетов; Артык Токсанбаев – лауреат Республиканских конкурсов; Айдос Сагатов – композитор, пианист, лидер и продюсер группы “УРКЕР”.